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R-loop CUT&Tag

2024-04-11
R-loop CUT&Tag系列文章之一:R-loop概览——结构、形成、分布、调控因子及病理生理功能01R-loop是具有DNA-RNA杂交体的特殊三链核酸结构1976年,Thomas等首次通过电子显微镜观察到了R-loop结构。R-loop,又称R环,是含有DNA-RNA双链和被置换的DNA单链组成的特殊三链核酸结构。R-Loop结构示意图02R-loop可通过顺式(cis)和反式(tr...

Circle-seq(环状DNA)

2024-04-11
▍eccDNA/ecDNA介绍eccDNA(Extrachromosomal circular DNA)是指细胞内的染色体外环状DNA。近年来的研究表明,eccDNA与衰老,细胞通讯,DNA修复和基因组复制等诸多生理过程有关。2021年Nature发文指出,eccDNA是细胞凋亡的产物,具有免疫原性。此外,eccDNA可以在多个系统中被检出,如神经系统、循环系统、消化系统、免疫系统、肌肉骨骼...

RNA修饰

2024-04-11
▍RNA修饰介绍 RNA上已经报道了超过170种RNA修饰,这些修饰影响着RNA的合成,转运,功能和代谢,进而调节细胞功能。近年来,包括m6A,m7G,ac4C,m5C等在内的RNA修饰成为生命科学的研究热点。▍RNA修饰研究方法RNA修饰的研究方法主要有两种,一是基于抗体的免疫共沉淀的IP法(RIP-Seq),这个方法常用来研究m6A,m7G,ac4C等修饰,另外一种是基于化合物转换法比...

组蛋白乳酸化

2024-04-11
▍组蛋白乳酸化介绍01乳酸代谢——可转化为乳酰辅酶A(Lactyl-CoA),参与组蛋白乳酸化在细胞质中,乳酸通过单羧酸转运体(Monocarboxylte Transporters,MCTs)转运到细胞中,并通过糖酵解或谷氨酰胺分解产生。细胞中乳酸的分解代谢有两种途径:1)乳酸被氧化成丙酮酸,丙酮酸进入线粒体并通过三羧酸循环代谢;2)乳酸通过糖异生转化为葡萄糖。乳酸可以转化为乳酰辅酶A,并...