我有靶基因，再也不愁找上游转录因子了！（下篇）——knockTF2.0数据库应用指南
进入KnockTF 2.0数据库主页（http://www.licpathway.net/KnockTF/index.html）。主页对大家的到来表示欢迎，并对KnockTF 2.0数据库进行了简介，该数据库是T(co)F，即转录因子与转录辅助因子敲降/敲除的基因表达谱数据库，包含上游通路信息和下游靶基因的功能注释信息，同时可提供靶基因表观遗传/遗传注释，具体介绍可见我们的上篇文章。
Search页面提供5种检索方式，分别是基于转录因子、靶基因、敲除方式、组织类型及转录因子（BLAST）。在靶基因查询模式下，首先选择物种，再添加靶基因的Symbol, Entrez ID或者 EnsemblID，并设置Fold Change用来筛选T(co)F数据集。
如下图所示，以ICAM1（Intercellular Adhesion Molecule 1）靶基因为例，我们点击Search得到搜索结果。
搜索结果以表格的形式展现。以ICAM1靶基因为例，共返回90+行数据。每行为转录因子/转录辅助因子的详细信息，包括组织类型、敲除方式、Fold Change等。
点击Target Gene ICAM1进入基因详情页面。详情页面左侧提供了ICAM1基因的基本信息，包含基因缩写、全称、ID、正负链、基因组位置信息及外部链接。右侧为筛选出的显著调控靶基因的云图，即ICAM1的T(co)Fs，红色为激活靶基因的T(co)Fs，蓝色为抑制靶基因的T(co)Fs。T(co)Fs的大小和深浅与调控强度相关，可在云图下方选择Log2FC的阈值。将鼠标置于的T(co)Fs上，可以显示此T(co)F的Log2FC和FC的具体值。
页面下方ICAM1-T(co)F Pairs栏显示了详细的T(co)Fs差异表达结果，根据Log2FC排列，可以看到抑制ICAM1的T(co)Fs按顺序排列为STAT3、MAF和GATA3；激活ICAM1的T(co)Fs按顺序排列为EHF、TP53和DAXX。结果与基因详情栏中的云图相对应。
下拉页面，来到Regulation Region栏，显示的是根据ChIP-seq或者Motif分析预测，可能结合在靶基因ICAM1启动子区域、超级增强子区域和增强子区域的T(co)Fs。
通过Annotation栏可以选择了解TFBS、eQTL、Common SNP、Risk SNP、Motif、TAD、染色质相互作用、甲基化等信息。
继续下拉页面，来到Expression Atlas of ICAM1栏，显示的是靶基因在不同组织、细胞中的情况，使用的数据库包括GTEx人类正常组织数据库，CCLE肿瘤细胞系数据库、TCGA人类肿瘤数据库和ENCODE细胞系数据库。
