简化基因组甲基化测序（RRBS）

一、产品概述

DNA甲基化是最早被发现、也是研究最深入的表观遗传调控机制之一。DNA甲基化（DNA methylation）为DNA化学修饰的一种形式，能够在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现。所谓DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5号碳位共价键结合一个甲基基团。大量研究表明，DNA甲基化能引起染结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变，从而控制基因表达。

强化版简化基因组甲基化测序(Improved Reduced Representation Bisulfite Sequencing)是通过 MSPI 酶切富集基因组 DNA 上 CCGG 位点的片段，经Bisulfite 处理和高通量测序，进行全基因组范围、单碱基分辨率的甲基化测序，广泛用临床及哺乳动物全基因组范围甲基化研究，人样本可以检测高达 8M 以上有效 CpG 位点, 覆盖>90%的 CpG 岛, >85%的启动子。

二、实验原理

RRBS是基于重亚硫酸盐的甲基化分析方法，首先利用限制性内切酶对基因组进行酶切，经Bisulfite处理，对基因组CpG区域进行测序的技术。

三、应用方向

• 临床大样本甲基化 Biomarker 筛选

• 模式生物发育甲基化谱研究

• 疾病及肿瘤调控机制研究

• 遗传育种(动物)甲基化研究

• 无参基因组物种甲基化研究

四、应用案例

Epimutations in developmental genes underlie the onset of domestication in farmed European sea bass.( Mol Biol Evol,2019,IF= 14.797).

本研究通过RRBS测序，比较了早期驯化的 (N=12)与野生的(N=12) 欧洲鲈鱼在驯化过程中DNA甲基化变化，发现早期驯化的鲈鱼与野生的没有遗传差异，但在不同胚胎起源的组织中发生DNA甲基化变化。这些甲基化突变与经过25年选择性育种后的胞嘧啶至胸腺嘧啶多态性显著重叠，表观突变基因与正选择基因一致。结果表明驯化初始阶的表观变异（epimutation）是一个重要事件。