Circle-seq-eccDNA/ecDNA

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2024-03-07 21:40
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eccDNA/ecDNA介绍


eccDNA(Extrachromosomal circular DNA)是指细胞内的染色体外环状DNA。近年来的研究表明,eccDNA与衰老,细胞通讯,DNA修复和基因组复制等诸多生理过程有关。2021年Nature发文指出,eccDNA是细胞凋亡的产物,具有免疫原性。此外,eccDNA可以在多个系统中被检出,如神经系统、循环系统、消化系统、免疫系统、肌肉骨骼系统和泌尿生殖系统等等。

肿瘤细胞中长的eccDNA(长度通常是mega-base-pair 级别)也被叫做ecDNA(Circular Extrachromosomal DNA)。ecDNA可以携带oncogene和drug-resistance gene的拷贝,从而促进肿瘤的发生和发展。此外,ecDNA也可以做为移动的超级增强子,增强靶基因的转录水平。

Zuo S et al. Extrachromosomal Circular DNA (eccDNA): From Chaos to Function. Front Cell Dev Biol. 2022

Wang Y et al. eccDNAs are apoptotic products with high innate immunostimulatory activity. Nature. 2021


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嘉因生物eccDNA/ecDNA服务优势


   优势一: 全面的eccDNA/ecDNA实验路线——Circle-seq/WGS : 4种实验路线+2种测序模式。


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   优势二: 1000+样本经验,80+种样本类型实践。



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  优势三: 线性DNA marker检测保证Circle-seq实验品质(适用于人的非cfDNA样本)。


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  优势四: 专业全面的eccDNA/ecDNA生物信息学分析。


4.1 eccDNA和ecDNA的生物信息学鉴定原理:主流生物信息学软件都是利用soft-clipped read 和discordant read pair检测eccDNA/ecDNA 在参考基因组上的起点和终点。


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4.2 嘉因eccDNA/ecDNA 真实数据展示:


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4.3 嘉因eccDNA/ecDNA分析例图:


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   优势五: 一站式验证eccDNA。嘉因使用PCR+Sanger测序 ,针对滚环扩增的产物 ,高精度验 证eccDNA。


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案例分享


案例分享一: 作者使用Circle-seq技术在16个健康人的肌肉和血液样本中总共检测到100,000+的eccDNA。作者发现,基因较为富集的染色体更高频的出现eccDNA。肌肉中转录水平最高的基因TTN相比其他基因拥有更多数量的eccDNA。


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案例分享二:   使用全基因组测序(WGS)研究ecDNA在食管癌发生过程中的促癌作用。


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