▍eccDNA/ecDNA介绍
eccDNA(Extrachromosomal circular DNA)是指细胞内的染色体外环状DNA。近年来的研究表明,eccDNA与衰老,细胞通讯,DNA修复和基因组复制等诸多生理过程有关。2021年Nature发文指出,eccDNA是细胞凋亡的产物,具有免疫原性。此外,eccDNA可以在多个系统中被检出,如神经系统、循环系统、消化系统、免疫系统、肌肉骨骼系统和泌尿生殖系统等等。
肿瘤细胞中长的eccDNA(长度通常是mega-base-pair 级别)也被叫做ecDNA(Circular Extrachromosomal DNA)。ecDNA可以携带oncogene和drug-resistance gene的拷贝,从而促进肿瘤的发生和发展。此外,ecDNA也可以做为移动的超级增强子,增强靶基因的转录水平。
Zuo S et al. Extrachromosomal Circular DNA (eccDNA): From Chaos to Function. Front Cell Dev Biol. 2022
Wang Y et al. eccDNAs are apoptotic products with high innate immunostimulatory activity. Nature. 2021
▍嘉因生物eccDNA/ecDNA服务优势
优势一: 全面的eccDNA/ecDNA实验路线——Circle-seq/WGS : 4种实验路线+2种测序模式。
优势二: 1000+样本经验,80+种样本类型实践。
优势三: 线性DNA marker检测保证Circle-seq实验品质(适用于人的非cfDNA样本)。
优势四: 专业全面的eccDNA/ecDNA生物信息学分析。
4.1 eccDNA和ecDNA的生物信息学鉴定原理:主流生物信息学软件都是利用soft-clipped read 和discordant read pair检测eccDNA/ecDNA 在参考基因组上的起点和终点。
4.2 嘉因eccDNA/ecDNA 真实数据展示:
4.3 嘉因eccDNA/ecDNA分析例图:
优势五: 一站式验证eccDNA。嘉因使用PCR+Sanger测序 ,针对滚环扩增的产物 ,高精度验 证eccDNA。
▍案例分享
案例分享一: 作者使用Circle-seq技术在16个健康人的肌肉和血液样本中总共检测到100,000+的eccDNA。作者发现,基因较为富集的染色体更高频的出现eccDNA。肌肉中转录水平最高的基因TTN相比其他基因拥有更多数量的eccDNA。
案例分享二: 使用全基因组测序(WGS)研究ecDNA在食管癌发生过程中的促癌作用。
▍eccDNA/ecDNA文章精选
样本类型 | 文章标题 | 杂志 | 影响因子 |
TR14神经母细胞瘤 | ecDNA hubs drive cooperative intermolecular oncogene expression | Nature | 69.504 |
HeLa S3、293T | Chromothripsis drives the evolution of gene amplification in cancer | Nature | 69.504 |
ESC-E14、HeLa S3 | EccDNAs are apoptotic products with high innate immunostimulatory activity | Nature | 69.504 |
HT-29 | Retrotransposons hijack alt-EJ for DNA replication and eccDNA biogenesis | Nature | 69.504 |
U2OS、HeLa、HepG2、Hep3B、hTERT RPE-1(RPE)、293 T | CRISPR FISHer enables high-sensitivity imaging of nonrepetitive DNA in living cells through phase separation-mediated signal amplification | Cell Research | 46.351 |
PC3 cells、COLO320-HSR、COLO320-DM、SNU16、GBM39-HSR、GBM39-EC、TR14 | The evolutionary dynamics of extrachromosomal DNA in human cancers | Nature Genetics | 41.376 |
胶质母细胞瘤 | Live-cell imaging shows uneven segregation of extrachromosomal DNA elements and transcriptionally active extrachromosomal DNA hubs in cancer | Cancer Discovery | 38.272 |
肿瘤组织、PBMC | Blocking Genomic Instability Prevents Acquired Resistance to MAPK Inhibitor Therapy in Melanoma | Cancer Discovery | 38.272 |
M249、M395、M245 NRASQ61K、PDX1、PDX13、Mel888、A375 | Plasticity of extrachromosomal and intrachromosomal BRAF amplifications in overcoming targeted therapy dosage challenges | Cancer Discovery | 38.272 |
肝癌组织 | Extrachromosomal Circular MiR-17-92 Amplicon Promotes Hepatocellular Carcinoma | Hepatology | 30.083 |