我有靶基因，再也不愁找上游转录因子了！（下篇）——knockTF2.0数据库应用指南

2024-10-16
承接上篇，我们将接着介绍通过使用KnockTF 2.0数据库，从靶基因寻找上游转录因子/转录辅助因子的详细步骤！进入KnockTF 2.0数据库进入KnockTF 2.0数据库主页（http://www.licpathway.net/KnockTF/index.html）。主页对大家的到来表示欢迎，并对KnockTF 2.0数据库进行了简介，该数据库是T(co)F，即转录因子与转录辅助因子敲...

我有靶基因，想找调控它的上游转录因子！（上篇）——KnockTF 2.0转录因子敲除Differential RNAseq数据库

2024-10-16
KnockTF 2.0的前世今生2019年末，李春权教授团队在Nucleic Acids Research杂志发表学术论文“KnockTF：a comprehensive human gene expression profile database with knockdown/knockout of transcription factors”，KnockTF 1.0数据库首次呈现。Kno...

Rloop追星，上海嘉因R-loop CUT&Tag 2.0强势来袭

2024-10-16
上海嘉因于年初推出Rloop CUT&Tag服务R-loop是真核生物内广泛存在的三链核酸结构。近年来，R-loop被证明是基因表达和基因组稳定性的调节因子，引起了越来越多的关注。R-loop的全基因组定位可以帮助科学家们对Rloop的发生和功能进行精确研究。2024年2月嘉因生物推出Rloop CUT&Tag服务， 该服务基于CUT&Tag体系，利用S9.6抗体，在全基因组水平对R-loo...

R-loop CUT&Tag系列文章之六：R-loop与基因组稳定性

2024-10-16
      接着前五篇有关R-loop CUT&Tag的系列文章，包括R-loop概览、R-loop与表观遗传、R-loop与转录终止、R-loop CUT&Tag 系列文章之四-R-loop CUT&Tag技术原理和技术对比和R-loop CUT&Tag系列文章之五：上海嘉因实操R-loop CUT&Tag数据大解密，本篇文章将介绍R-loop与基因组稳定性的关联性。01R-loop与D...

R-loop CUT&Tag系列文章之五：上海嘉因实操R-loop CUT&Tag数据大解密

2024-10-16
01嘉因生物R-loop CUT&Tag介绍为了得到高质量的R-loop数据，嘉因生物基于公司已有的CUT&Tag体系，利用S9.6抗体，开发了针对R-loop的CUT&Tag流程，具体流程包括：磁珠结合细胞/细胞核、S9.6 抗体识别R-loop、IgG二抗孵育、PA-Tn5孵育、DNA回收与建库。R-loop CUT&Tag能够在动物细胞或者动物组织上得到R-loop文库，测序后的数据通...

R-loop CUT&Tag 系列文章之四-R-loop CUT&Tag技术原理和技术对比

2024-10-16
01全基因组水平R-loop定位方法R-loop是特殊的三链核酸结构，包括DNA：RNA杂合链和一条游离的DNA单链，广泛存在于各种生物的基因组中，包括细菌、酵母、植物和人类等（R-loop CUT&Tag系列文章之一：R-loop概览——结构、形成、分布、调控因子及病理生理功能）。在生物体内，调控因子精准调控R-loop的产生，在基因调控和基因组稳定上发挥重要作用（R-loop CUT&T...

R-loop CUT&Tag系列文章之三：R-loop与转录终止

2024-10-16
      接着R-loop概览和R-loop与表观调控，本篇文章将阐述R-loop与转录终止的关系，即R-loop可能导致Pol II（RNA polymerase II）暂停和转录终止的机制。01R-loop可能阻止Pol II回溯       R-loop可能能够阻止Pol II回溯。Pol II在转录延伸与回溯之间来回摆动，而R-loop的存在可能能够终止Pol II的回溯功能。0...

R-loop CUT&Tag系列文章之二：R-loop与表观调控

2024-10-16
      承接上篇R-loop概览，本篇文章我们将介绍R-loop与表观遗传学调控的关系，主要针对染色质可及性和转录调节。       R-loop相关的染色质特征（组蛋白翻译后修饰）与启动子和转录起始位点处的转录特征类似，包括组蛋白H3 Lys4的单甲基化和三甲基化（H3K4me1和H3K4me3）、组蛋白H3 Lys27乙酰化（H3K27ac）和转录延伸（组蛋白H3 Lys36的三甲...

R-loop CUT&Tag系列文章之一：R-loop概览——结构、形成、分布、调控因子及病理生理功能

2024-10-16
01R-loop是具有DNA-RNA杂交体的特殊三链核酸结构1976年，Thomas等首次通过电子显微镜观察到了R-loop结构。R-loop，又称R环，是含有DNA-RNA双链和被置换的DNA单链组成的特殊三链核酸结构。R-Loop结构示意图02R-loop可通过顺式（cis）和反式（trans）形成R-loop可通过顺式（cis）和反式（trans）形成，顺式R环是当RNA聚合酶转录时，...

组蛋白乳酸化研究切入点（下）-乳酸代谢异常指标的检测方法

2024-04-09
      除了乳酸化修饰检测和乳酸浓度的检测，如果您的实验或组学数据中出现乳酸代谢基因异常变化，乳酸合成或运输基因异常变化，或者线粒体功能发生变化时，也可以考虑检测乳酸化修饰的异常。乳酸代谢异常相关指标01糖酵解强度相关基因及表型       乳酸化修饰水平与细胞内糖酵解强度是正相关的。糖酵解的大多数反应都是可逆的，但由己糖激酶、磷酸果糖激酶-1和丙酮酸激酶催化的这3步反应是控制糖酵解方...

组蛋白乳酸化研究切入点（中）——乳酸自身的检测方法及指标

2024-04-09
乳酸水平检测Histone Lactylation乳酸检测的意义直接检测乳酸化修饰具有周期长，成本高和样本制备繁琐的缺点，有没有更简单直观判断乳酸化修饰是否调控某一生化体系或是某一生理病理过程呢？答案是直接检测乳酸水平。乳酸化修饰具有剂量依赖效应，当细胞内乳酸水平升高，组蛋白乳酸化修饰也会增加，因此除了直接检测组蛋白乳酸化信号，还可以检测细胞内、组织内和体液中的乳酸水平。乳酸检测方法乳酸检测...

组蛋白乳酸化研究切入点（上）——乳酸化水平检测方法及指标

2024-04-09
“SWEET TEMPTATION”乳酸化水平检测上次我们谈到组蛋白乳酸化修饰是表观遗传学的新热点， 国自然的新宠儿。现在我们来聊聊实验中出现的哪些信号是乳酸化研究的切入点。在生物化学上，Kla修饰是在赖氨酸ε氨基上加上一个乳糖基团，使得赖氨酸残基的分子质量增加了72.021Da。因此，对乳酸化修饰的直接检测，可分为对赖氨酸残基分子量变化的检测和赖氨酸分子构象变化的检测。11LC/MS 或 ...

Sweet Temptation: 组蛋白乳酸化修饰——不能错过的表观研究新热点

2024-04-09
“SWEET TEMPTATION”组蛋白乳酸化修饰——不能错过的表观研究新热点                                (HISTONE LACTYLATION组蛋白乳酸化修饰是表观研究新热点)组蛋白乳酸化修饰是表观研究新热点HISTONE LACTYLATION    乳酸不光是代谢过程中重要的能量来源和糖异生前体，也是一种重要的信号分子。2019年《Nature》...